BİLSEM'de ders saatleri, öğrencilerin örgün eğitimlerinin dışında, hafta içi okuldan sonra veya hafta sonu olacak şekilde planlanır. Her ders/etkinlik/yetenek atölyesi saati 40 dakika olarak uygulanır. BİLSEM'de öğrenciler, devam ettikleri programa göre 4-12 saat aralığında ders alabilir. BİLSEM'de eğitim, süreç odaklı, proje tabanlı öğrenme modeliyle yürütülür ve sınıf geçme veya not sistemi bulunmaz.