Denizcilik fakültelerinde genellikle şu bölümler bulunmaktadır: Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği; Gemi Makineleri İşletme Mühendisliği; Denizcilik İşletmeleri Yönetimi; Lojistik Yönetimi. Ayrıca, bazı üniversitelerde Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği bölümü de yer almaktadır. Bölümler, üniversiteye ve eğitim kurumuna göre değişiklik gösterebilir.