Deniz madenciliğinin bazı zararları: Ekosisteme etki: Madencilik, deniz tabanını oyarak yaşayan deniz türlerinin yaşam alanlarını yok eder. Tür kaybı: Madencilik, deniz yataklarına ciddi ve uzun süreli zarar verir, bu da geri dönüşü olmayan tür kayıplarına yol açabilir. Deniz memelileri: Derin deniz madenciliğinden kaynaklanan kesintisiz gürültü, balina ve yunus gibi deniz memelilerine zarar verebilir. Atık su: Metaller ve toksinler içeren atık su, orta su ekosistemlerini etkileyebilir. Deniz madenciliğinin etkileri hakkında tam bir bilgi eksikliği olduğundan, gerçek etkilerin ne olacağı kesin olarak tahmin edilemez.