Cafer Höyük'te yapılan kazılarda şu bulgular elde edilmiştir: 1. Üç kültür katı: En üst tabakada Bizans mezarlığı, altında İlk Tunç Çağı'na ait çanak çömlek parçaları ve en alt tabakada seramiksiz Neolitik yerleşmenin kalıntıları. 2. Evcil hayvanlar: Sadece köpek iskeletleri bulunmuş, diğer evcil hayvanlara rastlanmamıştır. 3. Av hayvanları: Koyun, keçi, geyik ve yaban domuzu av hayvanları olarak beslenmede önemli rol oynamıştır. 4. Tarım: Hayvancılık yapılmamakla birlikte tarıma geçildiği belirlenmiştir. 5. Küçük buluntular: Obsidiyen ve çakmak taşından orak bıçakları, uç ve yan kazıyıcılar, kanatlı ok uçları, deliciler ve bazalt öğütme taşları ile yeşil kayadan cilalı baltalar. 6. Özgün yapılar: Çok odalı, hücre planlı ve tek odalı dikdörtgen planlı evler.