BİLSEM'de uygulanan eğitim programı beş aşamadan oluşur: 1. Uyum Programı: BİLSEM'e yeni başlayan öğrenciler ve velileri için düzenlenir, 40 ders saati ve iki aylık süreyi kapsar. 2. Destek Eğitim Programı: İletişim, iş birliği, problem çözme gibi temel becerileri tüm alan/disiplinlerle ilişkilendirmeyi esas alır. 3. Bireysel Yetenekleri Fark Ettirme Programı: Öğrencilerin bireysel yeteneklerini fark etmeleri için yaratıcılıklarını öne çıkaran programlar hazırlanır. 4. Özel Yetenekleri Geliştirme Programı: Öğrencilerin özel yetenek alanlarına yönelik bilimsel ve sanatsal etkinlik temelli çalışmalara yoğunluk kazandırılır. 5. Proje Üretimi ve Yönetimi Programı: Öğrencilerin ilgi, istek ve yeteneklerine göre gruplar halinde proje hazırlamalarını içerir.