Yandex özel penceresi (gizli mod), Yandex Browser'da sorguları ve ziyaretleri gizli tutmaya olanak sağlayan bir özelliktir. Gizli modda yapılan çalışmalarda, web gezintilerinde ve şifrelerde aşağıdaki veriler kayıt edilmez: tarama geçmişi; çerezler ve web sitesi verileri; form üzerinde girilen bilgiler. Ancak, yine de, işlemler ile ilgili bilgilere, internet servis sağlayıcısı, yerel ağ yöneticisi ve kişisel bilgilerin girildiği site yöneticisi tarafından erişilebilir. Gizli moda geçmek için şu yöntemler kullanılabilir: "Gizli Mod" seçeneğine tıklamak; bağlantıya sağ tıklayıp "Bağlantıyı Gizli Modda Aç" seçeneğini seçmek; klavye kısayolu olarak Ctrl + Shift + N (Windows ve Linux'ta) veya ⌘ + Shift + N (macOS'ta) tuşlarına basmak.