WhatsApp'a şifre koymak, ek bir güvenlik katmanı sağlayarak mesajların izinsiz erişimlere karşı korunmasına yardımcı olduğu için güvenlidir. WhatsApp'ta şifre koymak için kullanılan yöntemler şunlardır: Parmak izi kilidi (Android cihazlar için). Ekran kilidi (iPhone cihazlar için). Ayrıca, üçüncü parti uygulamalar (AppLock, Norton App Lock, Smart AppLock vb.) kullanılarak da WhatsApp'a şifre konulabilir. Ancak, yazışmaların Apple ve Google servisleri üzerinde yedeklenmesi durumunda, yedekleme kullanıldığı takdirde yazışma geçmişi "gerektiğinde" paylaşılabilir hale gelir. WhatsApp'ın uçtan uca şifreleme özelliğine sahip olduğunu ve bu sayede mesajların, sesli ve görüntülü aramaların üçüncü şahıslar, hackerlar veya WhatsApp tarafından erişilemeyecek şekilde korunduğunu unutmamak gerekir.