Transformers: Ay'ın Karanlık Yüzü filmi, Autobotlar ve Decepticonlar arasındaki savaşın ilerlemesini konu alır. Filmin özeti şu şekilde özetlenebilir: Cybertron gezegeninde yaşanan savaştan sonra, Autobotların eski lideri Sentinel Prime'ın uzay aracı Ay'ın karanlık yüzüne düşer. Yıllar sonra, Autobot ekibi Ay'ın karanlık yüzüne iner ve Sentinel Prime ile birlikte kalan 5 kolonu dünyaya getirir. İnsanoğlu, Decepticon saldırısından Sentinel'i korumaya çalışırken, onun Decepticonlar ile anlaşma yaptığını öğrenir ve Ironhide'ı öldürüp kaçar. İnsanoğlu, tüm bu yıkımın suçlusu olarak Autobot'ları suçlar ve onları uzaya gönderir.