Sonic 3 oyununu oynamak için iki farklı yöntem bulunmaktadır: 1. Bilgisayarda: Sonic 3 oyununu oynarken bilgisayarda "W, A, S, D" ve yön tuşlarını kullanabilirsiniz. 2. Mobil cihazlarda: Ekranın alt tarafında bulunan sağ, sol ve yukarı butonlarını kullanarak oyunu oynayabilirsiniz. Oyunun amacı, ekranda bulunan sarı renkteki halkaları toplamak ve sizi öldürmeye çalışan yengeç ve örümcek gibi hayvanlara yem olmadan bölümün sonundaki bitiş noktasına ulaşmaktır. Ayrıca, Sonic 3 Complete adlı bir ROM HACK versiyonu da mevcuttur ve bu oyun, Sonic the Hedgehog 3'ün farklı versiyonlarını tek bir çatı altında toplar.