Honda S2000 modelinde kullanılan motor, silindir sayısı 4, motor hacmi 1997 cm³ olan benzinli bir motordur. Farklı S2000 nesillerinde ve modellerinde kullanılan bazı motor seçenekleri şunlardır: 242 HP VTEC: 2005-2009, motor hacmi 2157 cm³. 250 HP VTEC: 2003-2009, motor hacmi 1997 cm³. 240 HP VTEC: 2003-2009, motor hacmi 1997 cm³. Ayrıca, 2018 yılında yeni nesliyle piyasaya sürülmesi planlanan Honda S2000 modelinde, 2.0 litrelik turbo beslemeli bir motor kullanılması planlanmaktadır.