İsmail Köybaşı'nın futbolu neden bıraktığına dair bir bilgi bulunamamıştır. Ancak, İsmail Köybaşı'nın futbol kariyerinde yaşadığı bazı sakatlıklar şu şekildedir: 2012-2013 sezonunda, Bulgaristan ile oynanan hazırlık maçında çapraz bağları kopmuş ve 6 ay sahalardan uzak kalmıştır. 2012-2013 sezonunda, sahalara döndükten sonra aynı bölgeden yeniden sakatlanmış ve 6 ay daha sahalardan uzak kalmıştır. 2015 yılında, menisküs yırtığı teşhisi konulmuş ve ameliyat olduktan sonra sezonu kapatmıştır. Ayrıca, 2015-2016 sezonunda, Dusko Tosic'in transferi ve Ramon Motta'nın varlığı nedeniyle kadrodan ayrılmanın eşiğine gelmiş ve hatta Sivasspor'u çalıştıran Sergen Yalçın'la el sıkışmıştır.