Şeker ameliyatı (metabolik cerrahi), her cerrahi müdahalede olduğu gibi belirli riskleri içerir. Bu riskler arasında: Kanama: Operasyon esnasında veya sonrasında kanamalar meydana gelebilir. Pıhtı oluşumu: Özellikle bacak bölgelerinden akciğerlerin damarlarına yönelik pıhtı atımları olabilir. Anastomoz kaçağı: Yeni oluşturulan mide-barsak düzeninde sızıntılar oluşabilir. Yara ve fıtık oluşumları: Ameliyat yerlerine darbe alma, hijyen kurallarına uyulmaması gibi nedenlerle ortaya çıkabilir. Ayrıca, uzun vadede ishal, kusma, ülser, reflü ve bağırsak tıkanıklığı gibi riskler de vardır. Ameliyat kararı, hastanın genel sağlık durumu, yaş, kilo, diyabet kontrolü ve ameliyatın potansiyel riskleri gibi faktörlere dayanmalıdır.