Kanal İstanbul Projesi, iki farklı mahkeme kararıyla iptal edilmiştir: 1. İstanbul 5. İdare Mahkemesi, projenin rezerv yapı alanı ilanının gerekli bilimsel ve teknik analizler yapılmadan alındığını ve kentsel dönüşüm amacından uzaklaşarak İstanbul'un doğal alanlarını tehdit ettiğini belirterek projeyi iptal etmiştir. 2. İstanbul 11. İdare Mahkemesi, Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği Bakanlığı tarafından hazırlanan Yenişehir Rezerv Yapı Alanı imar planını, kamu yararına aykırı olduğu ve tarım topraklarına, orman alanlarına ve su havzalarına zarar vereceği gerekçesiyle iptal etmiştir.