Prison Break'in ilk sezonu, sonraki sezonlardan farklı çünkü temel olarak bir hapishane kaçış hikayesini anlatırken, sonraki sezonlar daha çok kaçak yaşama ve komplo teorilerine odaklandı. İlk sezonda, Michael Scofield'ın kardeşi Lincoln Burrows'u kurtarmak için yaptığı ayrıntılı plan ve bu planın uygulanması ana temaydı. Bu değişiklik, dizinin genel tonunu ve izleyici beklentilerini etkiledi ve bazı eleştirmenler tarafından dizinin kimliğinin kaybolduğu yönünde değerlendirildi.