Yamaha MT-25'te model yılına göre çeşitli parça değişiklikleri yapılmıştır: 2019 yılı: Sele yapısında ergonomik iyileştirmeler, sünger yoğunluğunda değişiklik ve sele altı muhafaza alanında genişleme. 2020-2022 yılları: Sele ve sele altı alanlarında kalite hissi artıran, ısıya ve neme dayanıklı kaplama malzemeleri kullanımı. 2021 sonrası: Sele altı alanda sürüş destek sistemleri nedeniyle daha yoğun donanım, ECU yerleşimi ve sensör bağlantılarında yeniden konumlandırma. 2022 sonrası: Daha geniş oturma yüzeyi ve çift katmanlı sünger sistemi ile uzun mesafelerde sürücü yorgunluğunu azaltan sele. Ayrıca, her 5.000 km'de bir arka ve ön fren balataları ile hava filtresinin, her 20.000 km'de ise buji, fren hidroliği, hava filtresi ve soğutma sıvısının değiştirilmesi önerilmektedir.