Archaeopteryx'in ara geçiş formu olmamasının bazı nedenleri: İskelet yapısı: Archaeopteryx'in iskelet sistemi dinozorlara daha çok benzemektedir. Kuyruk yapısı: 23 kuyruk omurundan oluşan kuyruğu, hiçbir kuş türünde yoktur ve bu kuyruk, uçmaya çalışırken veya koşarken ani yön değiştirmeye yardımcı olan, kuyruklu uçan sürüngenlerde bulunur. Ayak yapısı: Theropod dinozor atalarına benzeyen ayakları, üç uzun ayak parmağı ve bir geri giden kısa parmak içerir. Pençeler: Kanatlarında dinozor pençeleri bulunur, bu özellik sadece Hoatzin isimli bir kuşun gelişim evresinde kısa bir süre için görülür. Pektoral kaslar: Pektoral kaslar, dinozorlarda ve sürüngenlerde olduğu gibi ince gastral kaburgalara tutunur. Ancak, Archaeopteryx'in tüyleri asimetrik ve aerodinamik bir yapı gösterir ve pençeli kanadında ve kuyruğunda tüyler bulunur, bu da onu sürüngenlerden ayıran ve kuşlara yaklaştıran bir özelliktir. Günümüzde yaşayan bazı kuş türlerinin de kanatlarında pençeleri olması, Archaeopteryx'in bu özelliğinin onu bir ara geçiş formu yapmadığını gösterir.