Kozloduy Nükleer Santrali'nin bazı reaktörleri, güvenlik kaygıları ve eski teknolojik altyapı nedeniyle kapatılmıştır. 1993 yılında Avrupa Komisyonu ve Bulgar hükûmeti arasında yapılan anlaşma gereği, Ünite 1 ve 2 reaktörleri 2004'ün başında devre dışı bırakılmıştır. 2006 yılının Aralık ayında, 3. ve 4. reaktörler kapatılmıştır. 2013 yılının Nisan ayında, santralin son iki reaktörü de kapatılmıştır. Ayrıca, 2021 yılında Kozloduy Nükleer Santrali'nin 5. reaktörü, güvenlik sorunları nedeniyle geçici olarak devre dışı bırakılmıştır.