Litvanya'nın bayrağı, siyasi ve tarihsel değişikliklere bağlı olarak birkaç kez değiştirilmiştir. 1918-1940: Litvanya'nın ilk bağımsızlık döneminde bayrak, sarı, yeşil ve kırmızı renklerdeki üç yatay şeritten oluşmuştur. 1940-1953: Sovyetler Birliği'nin ilhakıyla bayrak, kırmızı zemin üzerine orak-çekiçli SSCB bayrağı olarak değiştirilmiştir. 1953-1988: Sovyet Litvanyası'na özel tasarım: Kırmızı zemin, üst köşede SSCB arması, alt üçte birlik kısımda yeşil şerit ve beyaz dalga yer almıştır. 1988-2004: Üç renkli bayrak, Sajūdis halk hareketinin çabalarıyla yeniden kullanılmaya başlanmıştır. 2004: Bayrak oranı 1:2'den 3:5'e değiştirilmiştir. Modern Litvanya bayrağı, 1989 yılında onaylanmış ve 2004 yılında yapılan değişiklikle son hâlini almıştır.