Skarner için en popüler rünler, birincil yol için Azim (Hortlağın Pençesi, Kalkan Darbesi, Kondisyon, Aşırı Büyüme) ve ikincil yol için İlham (Sihirli Pabuçlar, Hızını Al) şeklindedir. Skarner için önerilen bazı alternatif rünler ise şunlardır: Conqueror anahtar rünü, Triumph, Legend: Alacrity ve Last Stand birincil ağaçta, Conditioning ve Overgrowth ikincil ağaçta. Aftershock anahtar rünü, Shield Bash, Conditioning ve Overgrowth birincil ağaçta, Cosmic Insight ikincil ağaçta. Rün seçimi, oyunun durumuna, eşleşmeye ve düşman şampiyonlara bağlı olarak değişebilir.