Anaconda 3: Offspring filmi, bir milyarderin, ölümcül bir hastalığı tedavi edebilecek tehlikeli bir yılanı yakalama görevini kabul eden bir paralı askerin hikayesini anlatıyor. Filmin konusu kısaca şu şekildedir: Amazon Nehri'nden yakalanan çok büyük bir dişi anakonda ve daha büyük, daha akıllı bir erkek anakonda, Wexel Hall'a ait bir bilimsel laboratuvarda deney için tutulmaktadır. Laboratuvar ziyareti sırasında, Murdoch erkek anakondayı büyük bir el feneriyle kışkırtınca, anakonda gazla sakinleştirilir. Ancak, Murdoch, asistanı Pinkus ve bir bilim insanı ayrıldıktan sonra, anakonda kafesinin duvarını yıkarak kaçar ve laboratuvarda çalışan birçok kişiyi öldürür. Amanda ve başka bir araştırmacı, ikinci (Kraliçe) anakondasının da kaçtığını fark eder. Murdoch, Hammett liderliğindeki bir hayvan avcısı ekibini, her iki yılanı da yakalamak için çağırır. Amanda ve Pinkus da onlarla birlikte gider. Ormandaki küçük bir çiftlikte, çiftlik sahibi yılanlardan biri tarafından canlı canlı yenir. Av partisi daha sonra gelir ve saldırı için bir plan yapar. Yılanla ilk karşılaşmalarında, grubun iki üyesi öldürülür. Hammett gelir ve ekibe yılanı nasıl öldüreceklerini anlatır. Grup ayrıldıktan sonra, Amanda iki diğer ekip üyesiyle birlikte bir arabayla yola çıkar. Bir sonraki karşılaşmada, bir araba kazası meydana gelir ve anakonda, Victor'un yüzüne asidik zehir püskürtür, onu yakar, Sofia'yı bacağı kırık olarak yaralar ve Amanda'yı arabada mahsur bırakır. Amanda yardım etmeye çalışırken, yılan Sofia'yı yutar. Amanda, Hammett tarafından kurtarılır ve ikisi kaçar. Amanda, kraliçe anakondasının 24 saatten az bir sürede daha fazla genetik olarak "özel" yavru doğuracağını gönülsüzce açıklar. Ekip askeri çağırmak ister, ancak Hammett bunu yasaklar ve Amanda'yı hapse atmakla tehdit eder. Sabah, grup yılanı aramaya başlar, ancak Pinkus anakond