Substrat çeşitleri şu şekilde sınıflandırılabilir: Karbonhidratlar. Hidrokarbonlar. Azot kaynakları. Organik azot kaynakları. İnorganik bileşikler. Vitaminler. Ayrıca, substratlar yapay ve doğal olarak da sınıflandırılabilir. Yapay besiyeri: Tam olarak bilinen miktarlarda ve saf maddeler kullanılarak hazırlanır. Doğal besiyeri: Kan, et özütleri, melas, pamuk çekirdeği, mısır unu, soya unu, malt çimi, peynir suyu gibi doğal maddelerle hazırlanır.