QGIS'te desteklenen bazı dosya formatları: Raster formatlar: JP2ECW, FITS, netCDF, PDF, MBTiles, JP2OpenJPEG. Vektör formatlar: Shapefile, MapInfo File, .NTF, LVBAG, GML, GPX, KML, GeoJSON, DXF, GPKG, PostgreSQL, MySQL, ODBC, WAsP, PGeo, MSSQLSpatial. Ayrıca, QGIS'in kendi formatları da vardır: QGS: QGIS proje dosyası formatı. QGZ: QGS dosyasını ve ilişkili sqlite veritabanını içeren sıkıştırılmış (zip) arşiv. QLR: QGIS katman tanımı dosyası. QML: QGIS stil dosyası formatı.