Toprak, üç boyutludur çünkü katı, sıvı ve gaz fazların kendi içindeki özellikleri ve birbirleri arasındaki ilişkiler üç boyutlu bir sistemde incelenir. Ayrıca, toprağın yüzey alanı ile birlikte derinliği de dikkate alınmalıdır, çünkü bitki köklerinin ulaşabildiği veya biyolojik ve mikrobiyolojik faaliyetlerin sona erdiği noktaya kadar uzanır.