Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, üniversiteye doğrudan bağlı olan disiplinler arası ana bilim dallarının bulunduğu bir enstitüdür. Enstitü, 1982-1983 eğitim-öğretim yılında 2547 Sayılı Kanun çerçevesinde, Ziraat, Fen ve Mühendislik alanlarında lisansüstü eğitim ve öğretim yaptırmak amacıyla kurulmuştur. Enstitü, şu anda 5 fakültenin (Ziraat, Fen Edebiyat, Mühendislik, Mimarlık ve Su Ürünleri) ve doğrudan enstitüye bağlı olan ana bilim dallarının bulunduğu 41 ana bilim dalında lisansüstü programlarına devam etmektedir.