Desktop.ini dosyasının silinmesi, dosyanın bulunduğu klasörün ikon özelliklerinin kaybolmasına neden olabilir. Ayrıca, bu dosya otomatik olarak yeniden oluşturulabilir, bu yüzden silinmesi her zaman kalıcı bir çözüm sunmayabilir. Eğer desktop.ini dosyası, bir klasördeki ayarları özelleştirmek için değiştirildiyse, bu dosyayı silmek, bu klasördeki görünüm ayarlarını varsayılan haline geri döndürür. Desktop.ini dosyasının silinmesinin başka bir olumsuz etki yaratıp yaratmayacağı, kullanıcının bilgisayarına ve yaptığı özelleştirmelere bağlı olarak değişebilir. Eğer desktop.ini dosyası silinmeden önce bir sorun yaratmıyorsa, bu dosyayı silmenin bir sorun yaratması beklenmez. Daha fazla bilgi için bir uzmana danışılması önerilir.