39 numaralı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi, "Bakanlıklara Bağlı, İlgili, İlişkili Kurum ve Kuruluşlar ile Diğer Kurum ve Kuruluşların Teşkilatı Hakkında Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Üst Kademe Kamu Yöneticileri ile Kamu Kurum ve Kuruluşlarında Atama Usullerine Dair Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin Değiştirilmesine Dair Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi"dir. Bu kararname ile yapılan bazı değişiklikler şunlardır: Türkiye Bilimler Akademisi ile ilgili organlar, görevler ve gelirlerde düzenlemeler yapılmıştır. Türkiye Ulusal Ajansı olarak yeniden adlandırılan Avrupa Birliği Eğitim ve Gençlik Programları Merkezi Başkanlığında, avukat vekalet ücretlerinin 659 sayılı KHK kapsamında ödenmesi sağlanmıştır. Mesleki Yeterlilik Kurumu ve Orman Genel Müdürlüğü ile ilgili değişiklikler yapılmıştır. TRT'de, başka kurumlara nakledilmek üzere Devlet Personel Başkanlığına bildirilen personelin atamaları, mevcut unvanları esas alınarak yapılacaktır. Türkiye Bilimler Akademisi Başkanı unvanı, Cumhurbaşkanı kararı ile atama yapılan unvanlar arasına alınmış ve görev süresi 3 yıl olarak belirlenmiştir.