"Lilo, Lilo, Crocodilo" filmi, New York'ta Primm ailesinin yanına taşınan Josh adlı çocuğun hikayesini anlatıyor. Josh, yeni okuluna ve arkadaşlarına uyum sağlamakta zorlanırken, bir gün yeni evlerinin tavan arasında yaşayan şarkıcı timsah Lyle ile tanışır ve ikisi hızla arkadaş olurlar. Ancak, kötü komşu Bay Grumps'un Lyle'ın varlığını tehdit etmesiyle, Primm ailesi, timsahın sahibi karizmatik Hector P. Valenti ile bir araya gelerek, dünyaya ailenin en beklenmedik yerlerden gelebileceğini ve büyük bir şarkıcı timsahta yanlış bir şey olmadığını göstermeye çalışırlar.