Mahkeme izinli ameliyatlar, Türk Medeni Kanunu'nun 40. maddesi kapsamında cinsiyet değiştirme ameliyatları olarak öne çıkmaktadır. Bu tür ameliyatlar için gerekli hukuki süreç şu şekildedir: 1. İzin Davası: Asliye Hukuk Mahkemesi'nde açılır ve davacının 18 yaşını doldurmuş olması, evli olmaması, transseksüel yapıda bulunması ve cinsiyet değişikliğinin ruh sağlığı açısından zorunlu olduğunun resmi sağlık kurulu raporuyla tespit edilmiş olması gerekir. 2. Ameliyat Sonrası Nüfus Kaydının Değiştirilmesi: Mahkeme izninin ardından, resmi sağlık kurulu raporu ve ameliyat belgelerinin sunulmasıyla nüfus kaydında cinsiyet ve isim değişikliği yapılabilir. Mahkeme izni olmadan yapılan ameliyatlar hukuken tanınmaz ve sağlık personeli için hukuki/cezai sorumluluk doğurur.