Hidroponide hem mineral hem de organik gübreler kullanılabilir. Popüler organik hidroponik gübreler: Sıvı deniz yosunu özütü: Eser mineraller, vitaminler ve doğal büyüme hormonları içerir, kök gelişimini destekler ve besin alımını iyileştirir. Balık emülsiyonu: Azot bakımından zengindir, sebzelerde, otlarda ve diğer yeşil bitkilerde kullanılır. Kompost çayı: Kompostun suya batırılmasıyla elde edilir, faydalı mikroplar ve besinlerle doludur. Kemik unu ve kan unu: Fosfor ve nitrojen kaynaklarıdır, kök büyümesini ve çiçeklenmeyi destekler. Solucan çayı (vermikompost özütü): Bitki büyümesini artıran besinler ve faydalı mikroplar içerir. Mineral gübreler ise genellikle kompleks gübreler şeklinde olup, mineral maddeleri anında emilebilen formlarda sunar.