MicroStation aşağıdaki dosya formatlarını desteklemektedir: Yerli formatlar: DGN, DGN V7/V8. Standart CAD formatları: DWG, DXF, SKP, OBJ. Nötr değişim standartları: STEP (AP203, AP214, AP242), IFC, JT, 3D PDF. Ayrıca, render görüntüleri (JPEG, BMP), animasyonlar (AVI) ve 3D web sayfaları (VRML) gibi medya çıktılarını da üretebilmektedir.