Ay çekirdeği tohumlarını korumak için şu yöntemler uygulanabilir: Hava geçirmez kaplar: Tohumlar, hava geçirmez kaplarda serin ve kuru bir ortamda saklanmalıdır. Buzdolabı: Özellikle kabuksuz çekirdekler için daha uzun raf ömrü sağlamak amacıyla buzdolabında saklanması önerilir. Nem kontrolü: Tohumların bulunduğu ortamın nem oranı iyi ayarlanmalı, nemden uzak tutulmalıdır. Işık almayan ortam: Tohumlar, ışık almayan bir ortamda muhafaza edilmelidir. Vakumlu paketleme: Tohumlar, derin dondurucuda vakumlu paketlerde saklanabilir, ancak nemlenme ihtimaline karşı dikkatli olunmalıdır. Ay çekirdeği tohumları, düşük sıcaklık ve düşük oransal nemde 2-2,5 sene saklanabilmektedir.