Özel entegratör ve entegratör arasındaki temel farklar şunlardır: Sistem Altyapısı: Entegratör, kendi sistem altyapısını oluşturup kullanırken, özel entegratör bu altyapıyı başka firmalara hizmet vermek için sunar. GİB ile Bağlantı: Entegratör, sistem altyapısını kendi adına kullanarak GİB ile bağlantıyı sağlar; özel entegratör ise GİB sistemleriyle doğrudan entegre çalışır. Maliyet ve İş Gücü: Özel entegratörde donanım, yazılım, personel ve iş gücü maliyetleri yoktur; entegratörde ise bu maliyetler bulunur. Belge Güvenliği ve Arşivleme: Özel entegratörler, belgelerin veri güvenliği, yedekliliği ve uzun süreli arşivlenmesi gibi sorumlulukları üstlenir. Özel entegratör kullanımı zorunlu değildir; işletmeler GİB'in sunduğu GİB Portal üzerinden de işlemlerini gerçekleştirebilir.