Şelale filtrenin çalışma prensibi şu şekildedir: Su akışı: Filtre, bir pompa yardımıyla suyun yüksek bir noktadan akmasını ve alt kısımda bulunan filtrasyon malzemelerinden geçerek geri dönmesini sağlar. Filtrasyon: Alt kısımdaki süngerler, süzgeçler ve diğer filtrasyon malzemeleri, suyun içindeki partikülleri ve zararlı bakterileri tutarak suyu temizler. Oksijen alışverişi: Şelale filtreler, suyu yüzeyden çekerek tekrar akvaryuma bırakırken bir şelale efekti oluşturur. Şelale filtre, suyun emiş borusundan sürekli olarak suyu çeker ve şelale kısmından akvaryuma filtreleme yaptıktan sonra döker.