Organik tarımda kullanılan bazı gübreler: Ahır (çiftlik) gübresi: Hayvanların idrar, dışkı ve yataklık materyallerinden oluşur. Yeşil gübreler: Yonca, üçgül, soya fasulyesi gibi bitkilerin ekilip belirli bir büyüklüğe eriştikten sonra toprağa gömülmesiyle elde edilir. Kent artığı gübreler: Mutfak çöpleri ve kanalizasyon artıklarından oluşur. Kompostlar: Bitkisel ve hayvansal atıkların mikrobiyal işlemlerle çürütülmesiyle hazırlanır. Solucan gübresi: Kırmızı Kaliforniya solucanı gibi türlerin organik atıkları sindirmesiyle oluşur. Guanalar: Deniz kuşları ve diğer deniz hayvanlarının artıklarından meydana gelir. Organik gübreler, toprağın fiziksel, kimyasal ve biyolojik yapısını iyileştirir, mikroorganizma faaliyetlerini hızlandırır ve bitkilerin besin ihtiyacını karşılar.