Pegasus Hava Yolları'nın pilot yetiştirme programı, "Yetiştirilmek Üzere II. Pilot Aday Adayı" programıdır. Bu program kapsamında: Adaylar, MPL (Multi-Crew Pilot License) eğitimi almak üzere AYJET veya AFA gibi anlaşmalı uçuş okullarına gönderilir. Eğitim, temel ve tip eğitimi olmak üzere yaklaşık 2 sene sürer. Eğitimi tamamlayan adaylar, Pegasus'ta II. Pilot olarak göreve başlar ve en az 1500 saat tecrübeye ulaştıktan sonra lisanslarını ATPL'e dönüştürebilirler. Programa başvuru şartları arasında ise Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlığı, 4 yıllık lisans mezuniyeti ve belirtilen dil yeterlilik sınavlarından birini geçmek yer alır.