Oto analizörlerde kalite kontrol iki ana aşamada gerçekleştirilir: test kalibrasyonu ve kontrol işlemi. Test kalibrasyonu için: 1. Kalibratör serumları kullanılır ve bu serumlar, içindeki analitlerin konsantrasyonları bilinen özel solüsyonlardır. 2. Bu serumlar, oto analizör cihazında çalışılarak kalibrasyon eğrisi oluşturulur. 3. Yeni reaktif yüklendiğinde, kontrol değerleri aralıkların dışına çıktığında, elektronik ve diğer modül ayar işlemlerinden sonra test kalibrasyonu tekrarlanır. Kontrol işlemi için: 1. Kalibrasyon sonrası, kontrol serumları çalıştırılır ve bu serumların sonuçları, cihazın hafızasına önceden girilmiş kontrol eğrileri ile karşılaştırılır. 2. Sonuçlar, kabul edilebilir sınırlar olan ±2 SD (standart sapma) değerleri içindeyse, hasta numuneleri üzerinde çalışmaya başlanabilir. 3. Eğer sonuçlar bu değerlerin dışında kalırsa, kalibrasyon işlemi tekrarlanır.