NCTS Faz 5 ile birlikte birçok yeni özellik ve iyileştirme getirilmiştir: 1. Veri Standardizasyonu: Avrupa Birliği Gümrük Veri Modeli (EUCDM) ile uyumlu yeni veri öğeleri kullanılarak veri alışverişi standartlaştırılmıştır. 2. Erken Beyan İmkanı: Transit beyannameleri, eşyanın gümrüğe sunulmasından 30 gün öncesine kadar verilebilmektedir. 3. Olay Kaydı Gümrük İdaresi: Taşıma sırasında meydana gelen olaylar, varış gümrüğüne ulaşmadan en yakın gümrük idaresi tarafından kaydedilecektir. 4. Yeni Mesaj Türleri: IE022 (Beyan Düzeltme), IE170 (Eşya Sunum Bildirimi) ve IE182 (Olay Bildirimi) gibi mesajlar eklenmiştir. 5. Katmanlı Beyan Sistemi: Alt sevkiyat yapısı sayesinde birden fazla gönderici ve alıcıya tek beyanda işlem yapılabilecektir. 6. AES Entegrasyonu: Otomatik İhracat Sistemi (AES) ile entegrasyon sağlanarak transit beyannamelerinin doğruluğu artırılmıştır. Bu güncellemeler, ticaret işlemlerinin daha güvenilir ve hızlı hale gelmesini amaçlamaktadır.