ISO dosyaları, güvenilir bir kaynaktan indirildiğinde genellikle güvenlidir, ancak internet üzerindeki hiçbir dosya %100 güvenilir olarak kabul edilemez. ISO dosyaları, kötü amaçlı yazılımlar tarafından da kullanılabilir; bu dosyalar, güvenlik kontrollerinden kaçınmak için kullanılabilir ve zararlı yazılımlar içerebilir. ISO dosyalarının güvenliğini artırmak için: Güvenilir kaynaklar kullanılmalıdır. Microsoft'un resmi güncelleme notları kontrol edilmelidir; örneğin, kötü niyetli kişilerin ISO dosyalarındaki zararlı yazılımları güvenlik kontrollerinden kaçırmasını engelleyen bir yama mevcuttur. Kullanıcıların disk görüntü dosyalarını otomatik monte etmesi engellenmelidir.