Gemilerde kullanılan arıtma sistemleri, atık türüne göre değişiklik göstermektedir: Gri su arıtma sistemi: Gemilerde üretilen gri su, tutma tankı veya onaylanmış atık su arıtma tesisi (STP) ile arıtılır. Balast suyu arıtma sistemi: Balast suyundaki organizmaları ve partikülleri arıtmak için mekanik, fiziksel ve kimyasal yöntemler kullanılır. Sewage (pis su) arıtma sistemi: Klasik sistemler (MSD) ve gelişmiş atık su arıtma sistemleri (AWT) kullanılır. Ayrıca, gemilerde arıtılmamış atık suların deşarjını düzenleyen uluslararası kurallar bulunmaktadır, örneğin MARPOL EK IV.