Koca Yusuf, 4 Temmuz 1898'de Türkiye'ye dönmek üzere yola çıktığı geminin Atlantik Okyanusu'nda batması sonucu hayatını kaybetti. Ölümüyle ilgili üç iddia bulunmaktadır: 1. Filikada boğulma: Kaza sırasında filikalara ulaşan ve kurtulmaya çalışan Koca Yusuf'un, diğer yolcuların cüssesi nedeniyle sandalı devireceği korkusuyla ellerini kestiği ve bu nedenle öldüğü düşünülmektedir. 2. Altınların ağırlığı: Amerika'da kazandığı güreşlerin ardından kazandığı paraları kağıt paralara güvenmediği için altına çevirdiği ve bu altınların ağırlığı nedeniyle okyanusta boğulduğu iddia edilmektedir. 3. Demirlerin altında kalma: Geminin başka bir gemiyle çarpışması sonucu batmaya başlaması üzerine, Koca Yusuf'un gemide bulunan demirlerin altında kalan bir çocuğu ve annesine yardım etmeye çalışırken hayatını kaybettiği rivayet edilmektedir.