Mert Günok'un Beşiktaş'tan ayrılma nedeni, Başakşehir ile transfer anlaşması yapmasıdır. Başakşehir, 2021 yılında yaptığı açıklamada, Mert Günok'un 2017 yılından bu yana takımda görev yaptığını ve önemli katkılarda bulunduğunu belirtmiş, Günok'a emekleri için teşekkür ederek kariyerinde başarılar dilemiştir. Beşiktaş ile Başakşehir kulüpleri, bu transfer için 1 milyon 250 bin Avro bonservis bedeli üzerinde anlaşmıştır.