SunExpress'te segment (koltuk) seçimi iki şekilde yapılabilir: 1. Online olarak: SunExpress web sitesi veya mobil uygulaması üzerinden koltuk rezervasyonu yapılabilir. 2. Kontuardan: Havalimanında bulunan kontuarlardan da mevcut koltuklar arasından seçim yapılabilir, ancak bu yöntemde sadece mevcut koltuklar kullanılabilir. Dış hat uçuşlarında koltuk seçimi için iç hatlarda 6,99 TL, dış hatlarda ise 2,99 Euro ücret ödenmesi gerekmektedir.