SunExpress uçaklarının koltuk düzeni, kullanılan uçak modeline göre değişiklik gösterir. Airbus A320: 180 yolcu kapasitelidir ve 3-3 koltuk düzenine sahiptir. Boeing 737: 149 yolcu kapasitelidir ve 3-3 koltuk düzenine sahiptir. SunExpress, standart ekonomi sınıfı koltuklarına ek olarak ekstra ücret karşılığında çeşitli koltuk seçenekleri sunar: Acil çıkış koltukları: Ek bacak mesafesi sunar. Ön sıra koltukları: Uçağa ilk binen ve çıkan yolcular için uygundur. Pencere kenarı koltukları: Manzara keyfi için idealdir. Koridor koltukları: Sık sık ayağa kalkıp hareket etmek isteyen yolcular için uygundur. Koltuk numaraları, sıralara (1'den başlayarak) ve koltuklara (A'dan başlayarak) göre atanır. Koltuk seçimi, SunExpress web sitesi veya mobil uygulaması üzerinden rezervasyon yaparken yapılabilir.