Japonya'daki en önemli liman kenti Tokyo'dur. Tokyo Limanı, Japonya’nın başkenti Tokyo’nun doğusunda yer almakta olup, Pasifik Okyanusu’na bağlanmaktadır. Tokyo Limanı'nın yanı sıra Japonya'daki diğer önemli liman kentleri arasında Kobe, Nagoya ve Yokohama da bulunmaktadır.