Japonya'daki bazı önemli liman kentleri şunlardır: 1. Tokyo Limanı: Japonya'nın en büyük limanlarından biri olup, 90 milyon ton yük elleçleme kapasitesine sahiptir. 2. Kobe Limanı: Büyük bir çoğunluğu konteyner olmak üzere 80 milyon ton yük elleçler ve tarihi mekanlarıyla ünlüdür. 3. Nagoya Limanı: Japonya'nın uluslararası ticaretinin %10'u bu liman üzerinden yapılır ve Toyota'nın ürettiği arabalar buradan dağıtılır. 4. Osaka Limanı: 80 milyon ton yük elleçleme kapasitesine sahip olup, iç ve dış ticaret için önemli bir limandır. 5. Yokohama Limanı: 350 milyon ton yük elleçleme kapasitesi ve Cruise terminaliyle Japonya'nın en önemli limanlarından biridir.