İzmit Körfezi, yoğun sanayileşme ve çevresel kirlilik nedeniyle tehlikelidir. Tehlikeli durumlar şunlardır: - Ötrofikasyon: Körfezin sularına bırakılan organik atıklar ve besin elementleri, planktonik aktivitenin artmasına ve oksijen seviyesinin düşmesine yol açar. - Petrol hidrokarbonları: Artan deniz trafiği ve kazalar sonucu denize bırakılan petrol atıkları, kirletici etki yapar. - Müsilaj: Deniz suyu sıcaklıklarının artması, kirlilik ve durağanlık gibi etkenlerle oluşan müsilaj, deniz ekosistemini tehdit eder ve balık ölümlerine yol açabilir. Bu sorunların önlenmesi için arıtma tesislerinin modernizasyonu ve çevre düzenlemelerinin sıkılaştırılması gerekmektedir.