Sultan II. Bayezid Külliyesi, sağlık müzesi oldu çünkü külliyenin içinde yer alan darüşşifa ve tıp medresesi, Osmanlı'nın önemli sağlık ve eğitim kurumlarıydı. 1970'li yıllarda dönemin Edirne Sağlık Müdürü Dr. Ratip Kazancıgil'in girişimleriyle, bu yapıların korunması ve tanıtılması amacıyla müze kurulması fikri ortaya atıldı. 2008 yılında ise tıp medresesi bölümü ziyarete açılarak müzeye yeni bir bölüm eklendi. Sağlık Müzesi, 2004 yılında Avrupa Konseyi tarafından "Avrupa Müze Ödülü" ile onurlandırıldı.