Edirne Sağlık Müzesi'nde aşağıdaki bölümler ve yapılar bulunmaktadır: 1. Darüşşifa (Hastane): İki avlu ve şifahane olmak üzere üç bölümden oluşur. 2. Tıp Medresesi: 18 öğrenci odası, bir dershane ve revaklı avludan oluşur. 3. İmarethane (Aşevi): Külliyede çalışanların ve öğrencilerin yemek yediği bölümdür. 4. II. Bayezid Camii: Külliyenin ana yapılarından biridir. Müze ayrıca, eski tıp aletleri, eserler ve Dr. Rıfat Osman ile Prof. Dr. Süheyl Ünver'in odalarını da barındırmaktadır.