Çandarlı'nın denizi, çeşitli insan faaliyetleri ve yanlış kaynak yönetimi nedeniyle kirlenmiştir. Deniz kirliliğinin başlıca nedenleri arasında şunlar bulunmaktadır: Kimyasal kontaminasyon. Kanalizasyon suları. Tarımsal faaliyetler. Plastik ve mikroplastikler. Yakıt sızıntıları. Ayrıca, 2013 yılında Çandarlı'da yaşanan çevre felaketine, Aliağa yönünden gelen petrol türevi atıklar neden olmuştur.