Yağmur suyu, arıtılmadan doğrudan içildiğinde sağlık açısından risk oluşturabilir. Yağmur suyu, atmosferden geçerken ve toplandığı yüzeylerde mikroorganizmalar, kimyasallar ve hayvansal kalıntılar gibi kirleticilerle temas edebilir. Mikroorganizmalar: Bakteriler, virüsler ve parazitler sağlık sorunlarına yol açabilir. Kimyasallar: Çatı malzemelerinde kullanılan asbest veya kurşun gibi maddeler suya karışabilir. Hayvansal kalıntılar: Kuş dışkısı gibi atıklar, mikrobiyal yükü artırabilir. Yağmur suyunun güvenli hale getirilmesi için filtreleme, aktif karbon arıtma ve mikrobiyolojik dezenfeksiyon gibi işlemler yapılmalıdır. Ayrıca, yağmur suyu kullanımıyla ilgili düzenlemeler, bulunulan ülke veya eyalete göre değişiklik gösterebilir.